در ابتدای فرآیند ساخت پنیر، شیر تا دمای مورد نیاز گرم می شود تا رشد باکتری هایی که لاکتوز را به اسید لاکتیک تخمیر می کنند، افزایش دهد.اگر شیر قبل از تولید پنیر پاستوریزه شود، باید تا دمای 32 درجه سانتیگراد خنک شود تا رشد کشت استارتر افزایش یابد.
اسیدی شدن و انعقاد
تولید اسید با سرعت مطلوب برای تولید پنیر با کیفیت ضروری است.پنیر را می توان تقریباً به دو دسته ماست یا پنیر کشک تقسیم کرد.
ماست با افزودن مستقیم اسید به شیر تهیه می شود.انواع پنیر تازه مانند پنیر خامه ای به این روش درست می شود.افزودن 1.5 تا 2 درصد استارتر یک راه معمول برای کاهش pH شیر است.از لحاظ تاریخی، افزودن استارتر به شیر پنیر 30 تا 60 دقیقه قبل از افزودن مایه پنیر یک روش معمول برای کاهش pH شیر و بهبود عملکرد مایه پنیر بود.
باکتری های موجود در شیر ممکن است وحشی باشند یا به عنوان پیش غذا اضافه شوند.باکتری های هموتیپ فقط در طی تخمیر اسید لاکتیک تولید می کنند، در حالی که باکتری های هتروتیپی علاوه بر اسید لاکتیک، ترکیبات دیگری مانند الکل ها، آلدئیدها، کتون ها و دی اکسید کربن را تولید می کنند.باکتری‌های هم‌افزایی معمولاً در پنیرهایی مانند چدار برای پاک کردن طعم ترش استفاده می‌شوند.باکتری های تخمیر هترولوگ طعم های مختلفی از جمله میوه را تولید می کنند.کشت های آغازگر معمولی عبارتند از Lactococcus lactis subsp.زیرگونه استرپتوکوک اسید لاکتیک یا استرپتوکوک بزاقی.باکتری های گرمادوست، Lactobacillus delbrueckii subsp.لاکتوباسیلوس بولگاریکوس و لاکتوباسیلوس سوئیس.برای تقویت بیشتر طعم و بهبود بافت نیز می توان کشت های کمکی را اضافه کرد.اینها می توانند باعث ایجاد سوراخ در پنیر شوند.هاگ های کپک را می توان در هنگام تهیه پنیر بالغ نیز به شیر اضافه کرد.برخی از انواع پنیر هنوز از استارتر استفاده می کنند.با این حال، به دلیل خطر عفونت باکتریوفاژ، بسیاری از افراد این عمل را متوقف کرده اند.
به عنوان یک جایگزین بالغ، شیر را می توان مستقیماً با افزودن اسیدها (اسید لاکتیک یا اسید هیدروکلریک) یا عوامل تولید اسید (اسید گلوکونیک و لاکتون) از قبل اسیدی کرد.اسیدی شدن شیمیایی عمدتاً برای انواع پنیر که بافت آنها مهمتر از طعم است استفاده می شود.زمان اسیدی شدن از 5-6 ساعت برای پنیر چدار تا 10-12 ساعت برای پنیر سوئیسی متغیر است.PH هدف بسته به نوع پنیر فرآوری شده متفاوت است.به عنوان مثال، پنیرهای سوئیسی و آبی به pH 6.2 تا 6.5 نیاز دارند.
انعقاد یک مرحله مهم در تشکیل پنیر است.اگر چربی وجود داشته باشد، کازئین را منعقد کرده و ژلی تشکیل می دهد که چربی را می پوشاند.اکثر انواع پنیر (75%) از طریق انعقاد با مایه پنیر تولید می شوند.شیر انعقادی حاوی مایه پنیر است که پتاسیم کازئین را به پارا-K کازئین و گلیکوپروتئین تبدیل می کند.می توان از کیموزین گوساله یا کیموزین تولید شده توسط پردازش میکروبی استفاده کرد.کشک روی پروتئین های شیر عمل می کند و کشک را تشکیل می دهد.پس از افزودن کیموزین، کشک به مدت 30 دقیقه یا بیشتر دچار اختلال نمی شود.
سومین روش تراکم، تراکم اسیدی/حرارتی است.این روش کمتر رایج است و برای تهیه پنیر از آب پنیر یا مخلوطی از آب پنیر و شیر بدون چربی استفاده می شود.